生产实践表明，封窖泥不仅起到窖池密封作用，而且与上层酒醅酒质有密切关系，其微生物种群数量对上层酒醅酒质起着重要的作用。循环利用的封窖泥好氧细菌、好氧芽孢细菌、嫌气厌氧细菌、霉菌、酵母菌以及放线菌数量随着封窖次数增加逐渐降低，而嫌气厌氧芽孢细菌数量则是随着封窖泥使用次数的增加而逐渐增加。若生产过程中开窖前敞窖时间不足、窖面不洁净、霉变糟醅清理不彻底可能会导致窖泥发臭、谷壳过多、窖泥霉变等现象，针对此种情况应该采取冬季提前5～6 d 敞窖，夏季提前3～4 d 敞窖，以开窖时窖泥硬化为标准，且管窖工应当时刻注意保持窖面卫生等措施加以管理和完善。
为了提高封窖泥循环使用率，有些企业的封窖泥采用各占二分之一的新老窖泥经过浸泡、采制而成。选用粘连性强、密封性好等特点的紫红泥，在酱香型白酒基酒生产的下沙、糙沙，入窖发酵、七次取酒的多轮次循环中使用。
石窖泥底是仁怀酱香型白酒的特色发酵容器，窖底泥是微生物的安乐窝，在复杂的物质代谢过程中为酿酒提供丰富的风味物质，如丁酸、己酸和己酸乙酯等，这些微量风味成分的形成及比例关系一定程度上决定了白酒的酿造质量品质，而窖底泥在白酒酿造过程中起到接种微生物和提供发酵环境的重要作用，从这个角度来说它也是酿酒的幕后功臣